자유무역지역제도는 1970년에 제정된 수출자유지역으로부터 시작하여 큰 변화 없이 제조업을 중심으로 시행되어 왔다. 최근 산업단지형 자유무역지역의 수출실적과 외국인투자 유치실적이 낮아지고 있는 것에 비하여, 항만형 자유무역지역의 물동량은 증가하는 현상을 고려할 때, 자유무역지역의 발전 방향을 재고해 볼 필요가 있다. 이에, 본 연구에서는 50년간 프레임에 큰 변화 없이 시행되고 있는 자유무역지역의 역할과 운영 현황을 고찰하여 그 문제점을 진단해 보고, 자유무역지역 제도의 역사적 발전과정을 분석하여 본 제도가 정책적 목적에 적합하게 운영되고 있는지 검토한 후 이를 토대로 자유무역지역 제도의 올바른 방향성을 도출하고자 한다. 특히 항만형 자유무역지역에 특화된 비즈니스 모델을 분석하여 항만형 자유무역지역을 활성화 할 수 있는 자유무역지역 제도에 대한 개선방안을 제시해 보고자 한다. 본 논문의 연구방법으로는 자유무역지역의 혜택 및 운영실적에 대한 현황을 조사하였고, 자유무역지역 화물관리절차 및 자유무역지역의 발전 과정을 문헌 연구를 통하여 분석하였다. 문헌 연구에 있어서는 자유무역지역과 관련된 법령, 저서, 논문, 학술지, 보고서, 간행물 및 관련 기관 홈페이지 등록 자료들을 분석 및 검토하였다. 또한 항만형 자유무역지역의 비즈니스 모델을 사례 분석하여 제도 개선안을 도출한 후 개선에 따른 시뮬레이션을 통한 효과를 분석하였다. 본 연구의 결과에서는, 물품 보관을 목적으로 한 내국물품의 관세영역으로 재반출이 가능하도록 제도를 개선하는 것은 항만형 자유무역지역을 국제물류허브 및 글로벌배송센터로 이용하고자 하는 외국기업을 유치하는데 매우 중요한 요소로 작용할 것으로 사료되며, 이는 항만형 자유무역지역을 활성화하는데 큰 도움이 될 것으로 예상된다.