유엔해양법협약상 배타적 경제수역에서의 군사활동(military activities in the EEZ)과 관련된 규정은 그 내용이 매우 불명확하고 모호하여 해양 강대국과 대비되는 개발도상국 중심의 연안국 간에 그 해석에 있어 항상 논란이 되고 있다. 계속된 법 해석상의 논란 와중에 2001년 4월 미국의 EP-3E 정찰기 불시착 사건이 발생하고 동년 12월에는 일본 해상보안청의 추적권 행사도중 침몰된 ‘장어(長魚) 3705호’ 사건이 발생하는 등 배타적 경제수역에서 군사활동 문제는 논의의 장으로 급격히 떠오르게 되었다. 이러한 일련의 사건들 발생 이후 국제 사회에선 아직도 이 문제에 대한 법적인 견해가 상충되어 여전히 미해결의 난제로 남아있는 상태이고 이러한 사건들이 모두 한반도 주변 해역에서 주로 발생하였다는 것은 주목할 만하다. 배타적 경제수역은 전 세계 해양면적 대비 약 34.4%를 차지하고 있는데, 그 논의 단계에서부터 공해도 영해도 아닌 특수한 해역으로 간주되었다.
유엔해양법협약은 평시에 해양의 이용을 규율할 의도로 만들어졌기 때문에 제3차 유엔해양법회의에서는 해양에서의 군사활동에 적용될 수 있는 규칙에 대해서는 의도적으로 검토하지 않아 불명확한 상태로 만들었고 유엔해양법협약에서 역시 불명확하게 규정한 공해자유의 내용이 배타적 경제수역에 적용된다고 동 협약 제58조에서 규정하여 배타적 경제수역에서 군사활동은 그 해석이 더욱 복잡하게 되었다.
최근의 국가관행과 관련해서 주목해야 할 것은 국가들이 설정된 자국의 배타적 경제수역에 대한 관할권을 점점 확대시켜 나가려는 현상이다. 동 수역에서의 군사활동 허용여부는 동 협약 제58조상의 귀속권리(attribute right) 또는 법적 이용인 지와 제59조상의 비귀속적(not attribute right) 또는 잔존적 권리(residual right) 혹은 이용인 지에 대하여 견해를 달리한다.
세계 각국은 배타적 경제수역을 통한 해양관할권의 증대를 위하여 배타적 경제수역을 선포하고 있으며 많은 국가들이 외국의 군사활동에 대해 관련법규에 엄격한 규정을 두고 있다. 우리나라의 배타적 경제수역법은 동 수역에서의 군사활동과 관련하여 침묵을 지키고 있는데 동북아시아 지역에서의 미국 해군력의 감소현상과 함께 우리나라 주변국인 중국ㆍ일본의 계속적인 해군력의 증대와 북한과의 계속된 휴전 상태는 국가안보상 배타적 경제수역에서의 군사활동에 대하여 명시적 규정을 둘 필요성이 있다고 하겠다.
배타적 경제수역에서 군사활동에 관한 불명확한 부분을 종식시키기 위해서는 유엔해양법협약의 개정을 통해 해결하는 방안이 원론적으로 제시될 수 있으나 이의 해결은 요원할 것으로 전망된다. 따라서 국내적인 대비 방안 외에 지역적 협력 체계 구축을 통한 일반적 원칙 도출로 국제적인 합의를 이끌어 내는 것이 현실적인 해결 방안이라고 할 수 있다. 즉, 좀 더 실질적인 국제적 협력방안으로 관련 당사자간, 특히 군사활동을 수행하는 군 당국자간의 군사협정의 체결 내지는 지역적 협의기구의 설립이 필요할 것이며, 구체적으로 배타적 경제수역에서의 외국의 군사활동에 따른 제반 충돌과 긴장을 해소하기 위해 몇가지 국제적 합의 내지는 입법방향의 모색이 요청된다.